בערב חג המולד 1664, תושבת לונדון בשם גודוומן פיליפס נמצאה מתה במחוז סנט ג'יילס אין דה פילדס. ה"בָּלוטות" המסגירות על גופתה לא הותירו מקום לספק באשר לסיבת המוות. ביתה נסגר והמילים "אלוהים רחם עלינו" נכתבו באדום על דלתה: פיליפס מתה בעקבות מגפת הדֶבֶר.

בחודשים הבאים דווח על מקרים בודדים בלבד של מוות מהמגפה. אולם עד אפריל, החלו המספרים לטפס בצורה דרמטית. כשהגיע הקיץ, המוות שרר בכל מקום. מסמכים מאמצע יולי מדווחים על 2,010 מתים בכל הקהילות בלונדון. מספר המתים בשבוע שלאחר מכן זינק ל- 7,496. במהלך תקופה של שנה וחצי, המגפה הגדולה של לונדון, כפי שנודעה המחלה בהמשך, תבעה את חייהם של למעלה מ- 100,000 אנשים - בערך רבע מאוכלוסיית העיר.

באותה תקופה, כמו גם היום, בידוד חברתי היה תגובה חשובה להתפרצות הקטלנית. תושבי הערים שיכלו להרשות זאת לעצמם נמלטו אל הכפר. בין המוסדות שנסגרו לאור המגפה הייתה אוניברסיטת קיימברידג', ובין הסטודנטים ששמו פעמיהם הביתה למה שהיינו קוראים כיום בידוד ביתי היה סטודנט בן 23 למתימטיקה, בשם אייזיק ניוטון.

בשנה וחצי הבאות, נשאר ניוטון בחווה של משפחתו בלינקולנשייר כשהוא שוהה לבדו, קורא, לומד וחושב. בשעה שמגפת הדֶבֶר השתוללה בחוץ, החל ניוטון את מה שתיאר לאחר מכן כתקופה הפרודוקטיבית ביותר בחייו.

נושא אחד שתמיד עניין את ניוטון היה אור וצבע. שנתיים קודם לכן, בביקור ביריד סטורברידג' השנתי ליד האוניברסיטה, הוא רכש פריזמת זכוכית קטנה. הוא הוקסם מהאופן שבו נדמה היה שהפריזמה משנה אור לבן והופכת אותו לספקטרום של כל צבעי הקשת.

איש לא הבין מהיכן הגיעו הצבעים. תיאוריה אחת הייתה שהזכוכית איכשהו מוסיפה צבע לאור שהוא חסר צבע.

ניוטון החליט לנצל את ההיעדרות הכפויה שלו מקיימברידג' כדי לנסות לפצח את התעלומה. הוא הציב את הפריזמה שלו בתנוחות שונות בשעה שהשמש האירה דרך חלונו הפונה דרומה, וניהל רישום קפדני של המיקום שבו הופיעו הצבעים על הקיר שמול החלון. הוא ערך תצפיות ומדידות מפורטות, ובהדרגה הבין כי הפריזמה שוברת - כלומר, "מכופפת" - את אור השמש, ובתהליך זה חושפת את הצבעים המרכיבים אותו. ניוטון גילה כי אור לבן מכיל בעצם את כל צבעי הקשת, וכי צבעים אלו נגלים לעין רק כאשר קרני האור נשברות בזוויות שונות.

כל האופטיקה המודרנית בנויה על התגלית של ניוטון. חלפו שבע שנים נוספות עד שתקשר את ממצאיו לאדם אחר, וכמעט 40 שנה חלפו עד שפרסם את ממצאיו בספר. אולם התובנות פורצות הדרך התרחשו באותם חודשים של בידוד-עצמי בחווה בלינקולנשייר.

לא זה היה כל מה שהעסיק את ניוטון. הוא הפנה את תשומת לבו גם לנושא של תנועה וחוסר תנועה, ומה שהיה באותה תקופה הבעיה נטולת-הפתרון של מדידת המהירות והכיוון המשתנים של אובייקט בזמן תעופה. כשיורים חץ או פגז מתותח: הם מזנקים כלפי מעלה, אחר כך מאטים בהדרגה, לבסוף משנים כיוון וצוללים חזרה למטה. אולם מה קובע את מהירותם והכיוון שלהם? הייתה זו תעלומה שאיש לא פתר - עד שניוטון מיקד את תשומת לבו בשאלת התנועה ומה משפיע עליה. בהדרגה הוא הבין מהם שלושת חוקי היסוד המשפיעים על תנועה:

  •  גוף השרוי במנוחה יישאר במנוחה, וגוף הנמצא בתנועה יישאר בתנועה, אלא אם כן יופעל עליו כוח חיצוני.
  •  כוח הפועל על אובייקט שווה למסת האובייקט כפול התאוצה שלו. הנוסחה המתמטית היא: F = ma.
  •  עבור כל פעולה, יש תגובה שווה והפוכה לה בכיוונה.

דף מתוך הרשימות של אייזיק ניוטון על אור וצבע, שנכתב במהלך שנת הפלאות שבין 1665-1666.

החוקים של ניוטון מהווים את הבסיס למכניקה הקלאסית, ועל בסיס זה המשיכו דורות של פיסיקאים להסתמך. המתמטיקה הנדרשת כדי להקיש חוקים אלה - הכרוכה במשתנים רבים עם כמויות משתנות תדיר - לא הייתה קיימת בימיו של ניוטון. אז הוא המציא תחום מתמטי חדש לחלוטין. הוא קרא לו בשם "method of fluxions" למרות שבסופו של דבר הוא ייקרא בשם חשבון דיפרנציאלי. (מלומד גרמני בשם גוטפריד לייבניץ יפתח גם כן תחום זה בהמשך, באופן בלתי תלוי בעבודתו של ניוטון). ללא חשבון דיפרנציאלי, המתימטיקה, ההנדסה והסטטיסטיקה המודרנית לא היו מתאפשרות.

כל אחד מההישגים האלה היה מבטיח את תהילתו של ניוטון. אולם השיאים שאליהם הגיע במהלך חודשים אלה של בידוד היו מופלגים אף יותר.

יום אחד, בגינה, תפוח נפל מהעץ (או לפחות כך הוא נזכר בזקנתו, שנים לאחר מכן). הסטודנט הצעיר תהה בכוח שמשך את התפוח אל הקרקע. היה זה כוח שנדמה היה כי הוא פועל גם במרחקים ארוכים מאוד: תפוח שנופל מהעץ הגבוה ביותר שניתן להעלות על הדעת עדיין יפגע בקרקע. לאיזה מרחק מגיע כוח זה? אולי אפילו עד הירח. ועם זאת, הירח אינו נופל על כדור הארץ, אלא במקום זאת מסתובב סביבו. מדוע?

הבעיה של תנועת גרמי השמיים הטרידה את האינטלקטואלים בני דורו של ניוטון. הם יכלו לדמיין בעיני רוחם עולם התלוי על שרשרת, מסתובב סביב צירו, כוח צנטריפטלי מחזיק אותו במסלול קבוע. אולם אם השרשרת תיחתך, הסיבוב ייפסק - וכדור הארץ יזנק קדימה בקו ישר. ועם זאת, גופים שמימיים אינם מתעופפים בקווים ישרים. למרות שהם אינם כבולים בשרשראות, הם נעים במסלולים קבועים. כיצד ייתכן הדבר?

לבדו בלינקולנשייר, פתר ניוטון את החידה: באופן מדהים הוא גילה את חוק הכבידה. אותו כוח שמושך את התפוח אל הקרקע מחזיק כוכבים רחוקים במסלולם. זו הייתה השרשרת הקושרת את הירח לכדור הארץ ואת כוכבי הלכת אל השמש. לא ניתן היה לראות או לגעת בכוח המשיכה, אבל ניתן היה להוכיחו באמצעות המתמטיקה. הוא מילא דף אחר דף בחישובים צפופים ובסופו של דבר הגיע לנוסחה שלדבריו, "מאפשרת לי להסביר את המערכת של העולם".

במשך קרוב ל- 20 שנה לא סיפר ניוטון לאיש על תגליתו. כשפרסם בסופו של דבר את מאמריו הדגולים בנושא תנועה וכבידה - שנקרא בלטינית Philosophiæ Naturalis Principia Mathematica (עקרונות מתמטיים של פילוסופיית הטבע - ובקיצור, הפרינקיפיה) - האפקט היה דומה לרעידת אדמה. תגליותיו של ניוטון, לפי אלן צ'רלס קורס, פרופסור להיסטוריה באוניברסיטת פנסילבניה, מהוות את "אחת הסינתזות המדעיות היוצאות מן הכלל בהיסטוריה של החשיבה האנושית".

הפרינקיפיה נחשב על פי רוב כיצירה המדעית החשובה ביותר בהיסטוריה של המדע. הספר טלטל את יסודות התרבות המערבית שכן הוא הדגים, כפי שלא עשתה אף יצירה קודם לכן, שהיקום היה בעל חוקיות, היגיון וניתן לחיזוי מראש. לאירופה האדוקה עד מאוד, פירוש הדבר היה שבני תמותה יוכלו לתפוס את תוכנית הבריאה, לחקור את העולם באופן אמפירי, להבין את אופן הפעולה שלו - משול היה ליכולת להתקרב ל"מוח האלוהי" יותר מכפי שהאמינו שאפשר. התובנות של ניוטון במהלך חודשי המגפה שהשאירו אותו בבית יצקו סדר מתמטי ליקום ושמו קץ לצמיתות לעידן הקסם. הן פתחו את הדלת למשהו קסום הרבה יותר: ניצחון המדע המודרני. תקופה פורה להדהים זו של "בידוד חברתי" נודעה בהמשך בתור "אנוס מירביליס" - שנת הפלאות של ניוטון.

בניגוד לרבים שמצאו את מותם במהלך המגפה הגדולה בלונדון, חי ניוטון חיים ארוכים. הוא הלך לעולמו ב- 1727 בגיל 84, ונקבר עם אותות כבוד רבים בווסטמינסטר אבי.

אולם ההספד המפורסם ביותר שלו היה זה של המשורר האנגלי המפורסם, אלכסנדר פופ:

הַטֶּבַע וְחֻקָּיו נָחוּ בְּחֶשְׁכַת שְׁחוֹר, וַיֹּאמֶר אֱלֹהִים: יְהִי נְיוּטוֹן – וַיְהִי אוֹר (בתרגום: עמנואל לוטם).

מאמר זה הופיע במקור בדואר האלקטרוני Arguable מאת ג'ף ג'קובי, המופק על-ידי הבוסטון גלוב